Bem, na bomba de água não se mete nada. A bomba de água é parte do circuito de refrigeração, e o circuito de refrigeração leva líquido de refrigeração. O líquido de refrigeração não será muito diferente de água, mas terá adictivos para não congelar, para não corroer, etc.
O local que leva água, num carro, é o depósito do limpa vidros.
Há quem meta água no circuito de refrigeração, mas a prazo é uma má ideia. Principalmente em carros antigos / que percam o líquido de refrigeração.