No global os portes gratuitos estão sempre incluídos, mesmo que estejam diluídos ou sejam pontuais. A alfândega não teria que saber quando é que aquela situação em particular os tem ou não. Assumir que estão diluídos seria o correcto. O garantidamente incorrecto é cobrá-los a dobrar.
Tu nunca te safas de pagar o preço sobre os portes, porque o preço que pagas os tem incluídos, explícita ("desta vez leva uma borla") ou implicitamente (no global têm que estar), os portes oferecidos pelo fornecedor são sempre uma ilusão.
Sim, pedir para separar é uma boa forma de enfrentar o sistema actual. Mas a alfândega estaria segura em ter um sistema justo se assumisse que estão incluídos. Só que claro, a ideia é sempre partir de pressupostos que maximizem a receita ainda que incorrectos.